Rudo tinggal di daerah kumuh sebuah kota kaya, bersama ayah angkatnya, Regto. Meskipun mereka berusaha hidup berdampingan dengan penduduk kota lainnya, Rudo membenci pemborosan yang dilakukan oleh kelas atas. Mengabaikan peringatan dari orang-orang di sekitarnya, Rudo sering merambah sampah kota untuk mencari barang-barang yang masih berguna atau bernilai, yang dibuang ke “Abyss”—sebuah lubang besar tempat segala sesuatu yang dianggap sampah dibuang, termasuk orang. Ayah kandung Rudo adalah salah satu yang dibuang ke sana setelah dituduh melakukan pembunuhan.
Suatu hari, setelah bertemu dengan sosok misterius dalam perjalanan pulangnya, Rudo kembali ke rumah hanya untuk menemukan tubuh Regto yang sekarat di lantai. Ia langsung ditemukan di tempat kejadian oleh pihak berwenang dan dituduh melakukan pembunuhan. Tidak ada yang mempercayai klaimnya tentang ketidakbersalahannya, dan ia pun dibuang ke dalam Abyss. Namun, alih-alih mati, Rudo menemukan dirinya berada di tempat yang aneh dan bau, dikelilingi oleh monster-monster yang terbuat dari sampah.
Saat Rudo diserang oleh monster-monster tersebut, ia diselamatkan oleh seorang pria bernama Enjin, yang mengungkapkan dirinya sebagai seorang “Cleaner”—seseorang yang menggunakan senjata khusus yang disebut Vital Instruments untuk melawan makhluk-makhluk ini. Demi membalas dendam pada orang yang membunuh Regto, Rudo terpaksa menjadi seorang Cleaner, berjuang untuk melawan jalan keluarnya dari Abyss dan menemukan kebenaran di balik kematian ayah angkatnya.
